De styrmedel som används i Sverige för att hantera övergödning från vattenbruket kan ha bidragit till att sektorns tillväxt är låg. Idag används främst fodertak, som anger hur mycket foder som får användas, och subventioner för att minska näringsutsläpp och öka näringsupptag från vattenbruket.

Nya styrmedel för minskad övergödning kan öka det svenska vattenbrukets tillväxt. Exempelvis kan ett tak på hur mycket näring ett vattenbruk får släppa ut, utsläppstak, ersätta fodertak för större vattenbruk och subventioner kan baseras på utsläppsminskningar eller näringsupptag istället för på åtgärder. Vattenbruket kan också ingå i ett handelssystem där rätten att belasta miljön med näringsämnen går att köpa och sälja. Om nya styrmedel införs är det viktigt att hänsyn tas till små och nya vattenbruk för att inte påverka tillväxten i sektorn negativt.